Bắt đầu chơi bóng

Weidenfeller bắt đầu đá chuyên nghiệp 1997, sau khi giành danh hiệu thủ môn xuất sắc nhất của giải 1997 FIFA U-17 World Championship.

Kaiserslautern

Năm 1998, Weidenfeller chuyển tới 1. FC Kaiserslautern nhưng không thành công tại đây.

Borussia Dortmund

Năm 2002, Weidenfeller chuyển tới Borussia Dortmund thay cho Jens Lehmann, người sẽ chuyển đến Arsenal vào năm 2003. Sau đó anh đã trở thành trụ cột của Die Schwarzgelben nhờ phong độ ổn định cùng với khả năng bắt penalty cực tốt.